Ici tout comme dans mes audits de référencement, je préfère être trèèès clair, quite à verser un peu dans l'extremisme : en termes de référencement, l'usage du JavaScript est à proscrire.

Evidemment, les contraintes de développement font que l'utilisation du JavaScript reste souvent incontournable.
Mais compte tenu du fait que les robots sont quasiment (quasiment, cette donnée tendant à évoluer) incapables d'interpréter le JavaScript, il est évidemment à réduire à son minimum si l'on ne se préoccupe que de référencement.

A noter qu'il en va de même pour l'Ajax, basé sur le JavaScript, même si il parait plus évolué. En termes de référencement, il est tout aussi bloquant.

Faite donc un usage modéré du Javascript dans votre site.
Et n'ommettez pas d'externaliser le code Javascript qui vous sera incontournable !

La pratique est beaucoup moins courante, et pourtant tout aussi évidente que pour les CSS : il faut externaliser ce code inutile pour le référencement, qui vient poluer votre contenu rédactionnel.

Le code JavaScript peut être externalisé dans un fichier dédié, uniquement relié au code de vos pages par un appel simple au fichier.

Pour soigner votre référencement, ce code JavaScript doit donc être externalisé, tant que faire se peut (pas toujours évident, comme par exemple avec le plus courant d'entre eux : le script Google Analytics).